No contexto da Dinastia Filipina, o incontestável sucesso das companhias monopolistas privadas neerlandesas no domínio do comércio com o Oriente a partir do início do século XVII, causou alarme nas nações ibéricas, levando-as à busca de novas fórmulas para financiar as suas atividades comerciais.
O caminho natural era o de reproduzir o modelo dessas companhias e projetos foram esboçados em 1619 e 1624, tendo mesmo um Regimento sido aprovado em 1628. Esta primeira tentativa de criação de uma Companhia na Península foi defendida por Duarte Gomes Solis, mas não logrou êxito pela ausência de capitais privados.
Com a Restauração da Independência de Portugal, o padre António Vieira, já em 1643, propôs a criação de duas companhias, uma para o Estado Português da Índia e outra para o Estado do Brasil, nos moldes da Companhia Neerlandesa das Índias Ocidentais O capital de ambas proviria dos cristão-novos de Lisboa e de judeus sefarditas norte-europeus. As ideias do religioso e diplomata iam além, propugnando manter o comércio com as colônias a salvo dos confiscos do Santo Ofício, o que, no conjunto, teve como consequência precipitá-lo mas malhas do Santo Ofício.
A ocupação da ilha de Itaparica pelos neerlandeses, em fevereiro de 1647, bloqueando Salvador, capital do Estado do Brasil, notícia que alcançou Lisboa em maio do mesmo ano, teve como consequência imediata o envio de uma Armada de socorro ao Brasil, e o sucesso no seu apresto, a formação da Companhia Geral do Comércio do Brasil.
O padre António Vieira compreendia que da preservação do comércio com o Brasil dependendia a boa capacidade financeira e, numa visão de longo prazo, a independência de todo o Reino.
À época, as perdas de embarcações e de carga então verificadas na Carreira do Brasil devido à guerra de corso eram insuportáveis. Vieira argumentava que, sendo imperativo organizar-se um sistema de comboio naval, e uma vez que não existiam no Reino meios navais capazes de desempenhar essa missão a contento, era necessário assegurar capital em montante suficiente para remunerar, adquirir e/ou fretar esses meios. Acrescentava que esse objetivo só seria alcançado pela criação de uma Companhia fundada no capital privado e, à época, no Reino, os únicos capitais disponíveis de imediato eram os dos cristãos-novos. Desse modo, para que estes se sentissem seguros para investir na Companhia, Vieira sustentava ser necessário isentá-los do confisco dos bens e dos capitais.
Essa proposta levantou de imediato grande celeuma na Corte e na Igreja. Entretanto, a presteza com que se procedera ao levantamento da Armada de Socorro ao Brasil, bem como a realidade de que o Estado não possuía os recursos necessários para o apresto de uma armada capaz de comboiar as frotas do Brasil, eliminou quaisquer dúvidas que João IV de Portugal pudesse alimentar acerca do financiamento da Companhia por cristão-novos.
A criação da Companhia foi adiada por seis meses, uma vez que Duarte da Silva e alguns candidatos a diretores da Companhia estavam envolvidos na preparação da armada de António Teles da Silva e Salvador Correia de Sá e Benevides para a Reconquista de Angola. Os obstáculos de natureza teológica levantados pelo Santo Ofício também pesaram para o atraso. Para esse fim, a 6 de fevereiro de 1649 o soberano fez vir ao Paço o bispo inquisidor-geral, D. Francisco de Castro, e lhe comunicou os termos da criação da Companhia. Entre estes incluíam-se um Alvará em que se concedia a isenção do fisco à Companhia, contra o qual o inquisidor apresentou os seus mais veementes protestos.
O soberano assegurou ao bispo que a situação só tinha progredido daquele modo uma vez que o grave estado do Reino assim o exigia, e que, a fundação da Companhia naqueles termos, era a sua única salvação. Quatro dias depois era publicado o Estatuto da Companhia, contendo um preâmbulo e 52 artigos, a maior parte prescrições estatutárias e regulamentares internas, umas de natureza legislativa e outras de carácter contratual entre o Estado e a nova Sociedade, a primeira de natureza anónima que se conhece no país.
